1、第一、强直性脊柱炎的病因还有自体免疫缺陷。强直性脊柱炎的主要病变部位主要在脊柱，肾为先天之本，主藏精，主骨生髓，脊又为督暗毙脉所过，因此本病的发生，与肾霜蚂和督脉有密切关系，即与先天秉赋直接有关。
2、第二、感染因素。研究认为该病的发生可能与感染有关;强直性脊柱炎病人大便培养的肺炎克雷白杆菌阳性率达79%，而在正常人群中为30%，说明患者肺炎克雷白杆菌感染的频率明显高于正常人，这也是强直性脊柱炎的病因。
3、第三、先天遗传导致。通过调查发现，在每个家族中都是存在个别的患者，即在一个家族中常有2个以上的成员发生强直性脊柱炎。家系调查发现在强直性脊柱炎患者的第―代亲属中，发生强直性脊柱炎的危险性比一般人群高出20～40倍。孪生子女的调查中发现：单卵孪生中，另一个患病的可能性超过50%，这就是强直性脊柱财晃包炎的病因。