肽链通过C端与固相基质连接，利用N端扩展肽链，当N脱保护后，茚三酮测试呈蓝色。氨基酸残基是在N端被保护的情况下接入肽链的，因此如果下一个氨基酸残基成功的连接到肽链上，茚三酮测试会给出无色或者黄色的结果。
茚三酮也可以用于蛋白质的氨基酸分析。除去脯氨酸之外的大多数氨基酸，水解之后可与茚三酮反应。水解中某些氨基酸的侧链也会被降解。因此对于那些与茚三酮不反应或者发生其他反应的氨基酸需要另作分析。
扩展资料
应用领域：
茚三酮可以用于检测所有的胺类，氨基甲酸酯类，在经过充分热处理后可以检测酰胺类物质。当茚三酮与氨基酸反应时可以释放二氧化碳。二氧化碳中的碳原子来源于氨基酸的羧基碳。在考古研究中，这个反应用于释放古老骨骼中羧基碳用于稳定同位素分析，以帮助重现古代生物的食物结构。
用一种标记底物处理的土壤，随后利用茚三酮与氨基酸的反应释放羧基胺，可以证明这种底物是否被吸收进微生物蛋白质。这种方法成功的发现了一些氨氧化细菌（也叫做硝化细菌）利用土壤中的尿素作为碳源。