1、微生物肥料对土壤条件要求严格，施用后需要经过适应，生长，维持，繁殖的过程。 一般情况下，微生物肥料只能在15天后发挥作用，不能以长期平衡的方法供给作物营养。
3、在高温干燥条件下，应避免施用微生物肥料，注意温湿度的变化。 在高温干燥条件下，微生物的生存和繁殖受到影响，不能充分发挥作用。
5、微生物肥料可以单独施用，也可以与其他肥料一起施用。 但是，必须避免与未成熟的农业肥料混用，防止高温引起的微生物杀菌，影响肥料的利用率。 也应该避免与过酸和过碱性肥料的混入。
7、避免滥用微生物肥料。 微生物肥料主要提供有益的微生物群落，而不是矿物养分，因此微生物肥料不能完全代替普通肥料。
