边防派出所跟普通派出所的区别，管理模式，编制不同，任务不同。
管理模式上的不同，即边境派出所归县级边境管理大队管理，而普通派出所归派出机关管理，即公安分局。边境派出所的职能侧重于出入境管理、口岸证件查验和边民往来管理，同时兼顾边境沿海的治安管理和管控任务，打击各类违法犯罪活动。而普通派出所的职能更杂一些，例如户籍管理、治安管理、开展辖区内的安全防范、治安纠纷调解、为群众提供服务等等。
编制不同。公安派出所是地方编制，边防派出所是武警编制。任务不同。普通派出所的主要任务是维护社会治安，开展社会治安综合治理，边防派出所的主要任务是以反走私、反偷渡，维护边境安全和国家利益为主要任务的。经费来源不同。公安派出所的经费来源只要是地方政府拨款，边防派出所的的经费来源是由国家军费列支。