企鹅的天敌是大贼鸥和豹斑海豹等。
对于企鹅来说，一些冰面上有食物的地方虽然是提供食物的场所，但也是充满危险的地方。有许多肉食动物在海中会伤害企鹅，最可怕的就是海豹了，只要企鹅一下水，它就会以最快的速度游过去，吃掉企鹅。一只豹斑海豹一天可吃超过15只的企鹅，但海豹通常会捕捉较弱或生病的企鹅。由于健康的企鹅经游得比海豹快，会逃脱海豹的追击。
天然黑白相间的羽毛衣服不仅能展现企鹅可爱的一面，而且还能帮助它们躲过敌人的视线，如果一只企鹅游近海平面时，它身体下方白色部分使水面下的海豹或其他敌人不能看出企鹅的踪影。
南极企鹅的种类并不多，但数量相当可观。据鸟类学家长期观察和估算，南极地区现有企鹅近1.2亿只，数量最多的是阿德雷企鹅，其次是帽带企鹅，数量最少的是帝企鹅。