食人鱼的天敌是刺鲶、南美巨獭、电鳗。
南美巨獭：南美巨獭是一种水栖、食肉类、哺乳类动物，原产于南美，仅见于南美洲热带雨林与湿地。该物种一般栖息在流速缓慢的小溪、河流中，也喜欢栖息在陡峭的岸边、水草少与附近树木繁茂的河湖溪沼中，一般以比较大的鱼类为食，偶尔也会捕食蛇和小型鳄。
电鳗：电鳗是一种放电能力比较强的淡水鱼类，输出的电压能达到三百伏到八百伏，因此电鳗在水中有“高压线”之称。其鱼类通常在夜间捕食，食物中有蟹、虾、小鱼、水生昆虫等。
刺鲶：刺鲶具有极强的杀伤性，分布于南美洲秘鲁、哥伦比亚、巴西等流域中。刺鲶善于用它的锐利棘刺，当被食人鱼盯上，它会以最快的速度游到最底下的一条食人鱼腹下，不管食人鱼怎么游动，它都会和食人鱼同步；食人鱼想要对它下口时，刺鲶就会脊刺怒张，使食人鱼无可奈何。