DNA变性的根本原因是DNA分子的独特而稳定的双螺旋结构（符合结构决定性质的认知规律）。变性是DNA最重要的一个性质：
1.DNA双链之间以氢键连接,氢键是一种次级键,能量较低,易受破坏,在某些理化因素作用下,DNA分子互补碱基对之间的氢键断裂,使DNA双螺旋结构松散,变成单链,即为DNA变性.DNA变性只涉及二级结构改变,不伴随一级共价键的断裂。
2.监测DNA是否变性的一个最常用的指标是DNA在紫外区260nm波长处的吸收光值变化.因为DNA变性时,DNA双链发生解离,共轭双键更充分暴露,故DNA变性,DNA在260nm处的吸收光度值增加,并与解链程度有一定的比例关系,这种关系叫做DNA的增色效应。
3.DNA的变性从开始到解链完全,是在一个相当窄的温度内完成的,在这一范围内,紫外光吸收值增加达到最大增加值的50％时的温度叫做DNA的解链温度（Tm）.一种DNA分子的Tm值的大小与其所含碱基中的G＋C的比例相关也与DNA分子大小及变性条件有关,G+C的比例越高,DNA分子越长,溶液离子强度越高,Tm值越大.
4.加热、低盐及强酸、强碱均可使DNA变性。