学校前身为1958年创建的江西水利电力学院，1978年恢复办学，历经江西省水利水电学校大专部、江西工学院水利分院、江西水利专科学校、南昌水利水电专科学校、南昌水利水电高等专科学校等阶段，2004年更名为南昌工程学院。2005年被批准为学士学位授予单位，2008年实现江西省人民政府与水利部共建。2011年先后被批准为“卓越工程师教育培养计划”高校和硕士专业学位研究生培养试点高校，并顺利通过教育部本科教学工作合格评估。2013年被总参谋部、教育部批准为定向培养直招士官试点院校，2016年通过教育部本科教学工作审核评估，2017年成为江西省“一流学科”建设高校，2018年被国务院学位委员会批准为硕士学位授予单位。
学校坚持应用型人才培养目标，狠抓教育教学质量，强化优良学风养成，人才培养质量较高。本科毕业生就业率名列全省前茅，毕业研究生获取执业证书比例超过50%、就业率100%。近五年学生荣获全国“挑战杯”课外学术科技作品竞赛一等奖、“创青春”创业计划大赛金奖等国家级奖励500余项。建校60年来，学校面向地方和水利行业培养了11万高素质应用型人才，为经济社会和水利行业发展做出了积极贡献，赢得良好的社会声誉。