皮蛋有保质期限。通常保质期是一年左右，但这个也是要分情况的，有些恶劣的皮蛋只能保存几个月。另外保存时间的长短要看皮蛋有没有变质，要是皮蛋变质了不管放的时间长短都是不能吃的。所以在保存时应尽量选择干燥、避光且通风的地方，而对于已经剥壳的皮蛋，最好在2小时内食用完毕。
任何食物都有保质期，虽然在中国许多的腌制品的保存期都非常久，但皮蛋毕竟是经过发酵变性的食物，保质期也最多在3个月的样子。而且干净的皮蛋壳上有4-500个细菌，脏皮蛋壳上则高达1.4亿-4亿个细菌，这些细菌通过大量蛋壳空隙进入壳内，很容易中毒。
此外，皮蛋是由碱性物质浸泡而成的，成胶状体，含水分约70%左右，经冷冻以后，水分会逐渐结冰。此时将松花蛋拿出来吃，冰会逐渐融化，其胶状体就会变成蜂窝状，改变了松花蛋原有的醇厚清香的风味，降低了食用价值。
而且低温会使松花蛋色泽变黄，口感变硬，同正常的松花蛋差异极大。所以，皮蛋并不适合放在冰箱里储存，低温存储会影响皮蛋的色泽和口感。