花菜的保存方式有很多种，主要有土窑贮藏、通风贮藏、气调贮藏。
土窑贮藏：秋凉时，把菜花带根挖起，将菜花的根朝地码在窖内，窑内地面可洒少许的水，保持窖内低温和高湿环境，可贮存2个月左右。
通风贮藏：将花菜装筐，在通风库内码起，然后在花菜上面盖一层薄膜保湿，减少脱水。贮藏初期要加强通风散热，尽量使库内温度降低至贮藏适温，从而达到减少脱水的效果。在贮藏中期，还应该要注意保温防冻。
气调贮藏：在通风库内将筐或箱装菜花，然后采用薄膜塑料大帐将菜花封盖，在顶部放上乙烯吸收剂。由于贮存初期，库温较高，菜花呼吸强，蒸发快，因此前半月，需每天将大帐打开，通风换气一次。在之后的时间中，每隔5至7天揭帐通风一次，并及时擦去帐内的水珠。